En su fase inicial, el libertador José de San Martín expide el Decreto de Creación de la Biblioteca Nacional un 28 de agosto de 1821, documento que en su primer artículo indica que: «Se establecerá una Biblioteca Nacional en esta capital para el uso de todas las personas que gusten concurrir a ella». Al año siguiente, el 31 de agosto, se promulga el Reglamento de la Biblioteca Nacional del Perú y el 17 de setiembre se inaugura la Biblioteca Nacional del Perú, bajo nombramiento como primer bibliotecario a Mariano José Teodoro de Arce Bedrigal. Sin embargo, fue un contrapunto por las conflagraciones emancipadoras entre 1823 y 1824, siendo saqueada en dos ocasiones.
Durante la etapa media de la Biblioteca Nacional en 1880 se contaba con 56127 volúmenes, posteriormente, entre 1881 y 1883 se dio un acontecimiento que dejó huellas en los tesoros más recónditos de la cultura peruana: la Guerra del Pacífico, hito en la historia de la integridad de la colección bibliográfica, considerablemente finiquitando en un desastre. «La biblioteca no existe, pues de los cincuenta seis mil volúmenes que ella contuvo, solo he encontrado setecientos treinta y ocho», según Ricardo Palma.
El 2 de noviembre de 1883 se decretó la fundación de la nueva Biblioteca, disponiéndose su solemne reapertura el día 28 de julio 1884 y posteriormente nombrado como director a Don Ricardo Palma, conocido como el «Bibliotecario mendigo», quien es una figura representativa de la Biblioteca Nacional del Perú, por su patriotismo constante y, además, su espíritu de héroe laico dispuesto siempre al sacrificio, a causa de que asumió reconstruirla y cultivó relaciones intelectuales que conllevaron a recibir donaciones e incrementó la colección bibliográfica de 27824 a 34750 volúmenes, dado que había recibido en escombros la librería.
El historiador Jorge Basadre tomó el cargo de la Dirección para la reconstrucción conocida como la tercera Biblioteca, tras el incendio del 10 de mayo de 1943, generando pérdidas de incalculable valor histórico. De esa manera, va sucediendo el cargo como Director, hasta llegar al 18 de agosto de 1986 a Juan Mejía Baca, director, librero y editor, quien logra la autonomía económica, administrativa y técnica de la Biblioteca. Se publica la Colección Perulibros, en 12 pequeños tomos, y se inician los trabajos editoriales para la futura publicación de la Biblioteca Básica Peruana. Actualmente Ezio Neyra Magagna es jefe institucional de la Biblioteca Nacional del Perú (BNP).
